O tema da biodiversidade está, nos Açores, estreitamente relacionado com o tema da flora e fauna endémicas. Mas afinal, como surgiram as nossas espécies endémicas? Nestas ilhas encontram-se dois tipos de endemismos, os paleoendemismos e os neoendemismos. Os paleoendemismos são endemismos que decorrem da extinção do género ou da espécie nas áreas de proveniência originais. É o caso de alguma flora reliquial da Era Terciária, cujos géneros se extinguiram há muito em parte do continente europeu. Alguns paleoendemismos presentes neste arquipélago são estruturantes dos ecossistemas naturais como é o caso do louro (Laurus azorica) e do azevinho (Ilex azorica). Uma das hipóteses para o surgimento dos primeiros propágulos destas plantas – que tem uma aceitação considerável no âmbito da comunidade científica – é que tenham chegado ao arquipélago por meio de um rosário de ilhas, algumas delas entretanto afundadas e que atualmente são bancos ou baixios no atlântico. Esse facto explicaria a presença do tipo de endemismo que é habitualmente mais frequente em ilhas muito antigas, como as ilhas de Madagáscar e da Nova Zelândia.
Os neoendemismos são decorrentes da evolução de espécies formadas de novo a partir de propágulos que chegaram às ilhas. Este tipo de endemismo é o resultado de uma evolução local depois de uma colonização relativamente recente, tendo parte destes endemismos sido confirmados por estudos moleculares das plantas. Um exemplo de um neoendemismo açoriano é o bermim-do-Pico (Silene uniflora ssp. cratericola), que apenas surge no topo da montanha do Pico, em todo o mundo.
Após a colonização, a permanência nas ilhas das espécies que atualmente são consideradas endemismos esteve dependente da sua capacidade de adaptação aos novos territórios. As que permaneceram são aquelas que tiveram capacidade de se reproduzir e se foram integrando eficazmente nos ecossistemas por via da sua maior eficiência. Devido ao isolamento do arquipélago açoriano e à reduzida dimensão das suas ilhas o número de espécies que aqui foi capaz de chegar, instalar-se e manter-se foi bastante reduzido, mesmo comparativamente aos outros arquipélagos da Macaronésia. Como consequência algumas espécies tornaram-se capazes de se integrar numa grande diversidade de habitats: a sua amplitude ecológica é bastante vasta e elas são capazes de suportar condições ambientais bastante distintas, desde a linha de costa até a zonas montanhosas, como é o caso da urze (Erica azorica) e do cedro (Juniperus brevifolia).
O modo como se efetuou a deslocação das espécies endémicas no interior do arquipélago dos Açores também ainda não se encontra totalmente esclarecido. A tese de que as espécies endémicas poderão ter colonizado inicialmente a ilha mais antiga, Santa Maria, partindo daí para as restantes à medida que estas foram emergindo pode não se adequar à complexidade dos processos envolvidos. Entretanto poder-se-ão ter dado também processos que envolvem a colonização das ilhas mais recentes para as mais antigas, quando estas últimas foram atingidas por distúrbios geológicos, nomeadamente vulcões. A época do último evento geológico em larga escala é importante para entender as especificidades dos endemismos das diversas ilhas.
O modo como as diversas plantas, animais e insetos chegaram inicialmente ao arquipélago dos Açores e se combinaram para formar ecossistemas viáveis é um tema interessante. Muitas interrogações se colocam ainda, mas isso significa também muitas hipóteses de estudo.
